Il gruppo viene fondato da Ustaz Mohammed Yusuf nel 2002 nella città di Maiduguri con l’idea di instaurare la shari’a nella regione del Borno, con l’ex governatore Ali Modu Sheriff (dimesso dal presidente nigeriano con l’accusa di corruzione), Yusuf fonda un complesso religioso che comprende una moschea ed una scuola, dove le famiglie povere della regione possano iscrivere i propri figli.Prima che il gruppo divenisse noto internazionalmente dopo le violenze religiose in Nigeria del 2009, Boko Haram non aveva una struttura organizzativa precisa o una catena di comando chiara inoltre è ancora argomento di discussione se Boko Haram sia collegato al terrorismo straniero di matrice “Sunnita” nonostante frequentemente compia atti terroristici nel Paese e contro il governo centrale.